Valkyria Chronicles se desarrolla en un continente ficticio que recuerda a la Europa de los años treinta. El continente, llamado Europa, está dividido en dos potencias principales: el Imperio Imperial, una monarquía en el este, y la alianza de democracias llamada la Federación en el oeste. En este mundo, hay un recurso muy importante llamado ragnito; sus usos van desde el abastecimiento de combustible de armas de guerra hasta el uso en tratamientos médicos. Dado que la ragnita es un recurso tan importante, la Federación y el Imperio están constantemente en guerra entre sí por ella. La historia tiene lugar en el país neutral de Gallia, conocido por sus abundantes reservas de ragnita, cuando el Imperio decide invadir y apoderarse de la ragnita para sí mismos. La historia sigue a Welkin, el hijo de un ex héroe de guerra; Isara, la hermana adoptiva de Darcsen de Welkin; y Alicia, miembro de la guardia de la ciudad Bruhl, mientras luchan contra los Imperiales en el grupo de milicias gallas, el Escuadrón 7. El Escuadrón 7 lucha por recuperar sus hogares y medios de vida con Welkin como el líder del escuadrón y comandante del tanque Edelweiss; Alicia como exploradora; Isara como el piloto del Edelweiss, y una variedad de individuos coloridos.