Kannazuki no Miko comienza en el pueblo de Mahoroba, donde el tiempo pasa lentamente tanto para el hombre como para la naturaleza. Dos estudiantes de la prestigiosa Academia Ototachibana de las aldeas también podrían ser noche y día. Himeko es tímido y poco firme, mientras que Chikane es audaz y elegante. A pesar de esto, se aman, y nada puede interponerse, no importa cuánto lo intenten. En el cumpleaños de las dos chicas, una voz siniestra corrompe a uno de sus amigos para atacarlos, y justo cuando parecía más sombrío, el lunar y los poderes de la sacerdotisa solar que permanecen latentes en las dos chicas despiertan, disipando el mal. Sin embargo, ese fue solo el primer obstáculo. Los dos ahora deben defenderse de los innumerables otros que amenazarían su bienestar, ¡incluso las personas más cercanas a ellos!