En el grupo galáctico hay más de 100,000,000,000 de galaxias, y la galaxia Vía Láctea, la que incluye el sistema solar de la Tierra, es solo una de estas ... una de las muchas en la inmensidad del espacio exterior. Esta historia comienza en el año 3199 , cuando un poderoso enemigo ataca la Vía Láctea desde una galaxia vecina. El enemigo se enfrenta a las fuerzas combinadas de la Vía Láctea, una Alianza de muchas naciones estelares, y las derrota una tras otra. Las fuerzas restantes de la Alianza de la Vía Láctea se reducen a solo seis flotas. Después de que se destruye la sede de la Alianza, y cuando el colapso de la Alianza central de la Vía Láctea es inminente, el Gran Yamato "Cero" sorprende a todos y se embarca en una misión para ayudar a la Alianza de la Vía Láctea en una última gran batalla.
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