Con la desaparición de Major Motoko Kusanagi , se asigna Batou de la Sección 9 para investigar una serie de horripilantes asesinatos, aparentemente a manos de ginós defectuosos o robots sexuales. Pero cuando un gineco defectuoso le deja un mensaje críptico, comienza a cuestionar la causa de su mal funcionamiento. Las sospechas de asesinatos por motivos políticos y un "fantasma" ilegal surgen rápidamente, arrastrando a Batou y a su compañero Togusa a una peligrosa red de conspiración. A medida que avanza su investigación, la línea entre el hombre y la máquina continúa difuminando, y la realidad y la percepción se vuelven indistinguibles . Enfrentando a enemigos extraños y peligrosos, Batou e Togusa exploran un mundo futurista lleno de máquinas y muñecas vivas pero completamente desprovisto de humanidad. Fuente: MyAnimeList
Ghost in the Shell 2: Innocence fue nominado para la Palma de Oro en el Festival de Cine de Cannes en 2004, y hasta ahora es el único anime que ha sido nominado para este prestigioso premio.