La historia de la nueva película se desarrolla en el bosque de Okoya, un paraíso Pokémon protegido por estrictas reglas que prohíben a los forasteros poner un pie en el interior. La película se centra en Koko, un niño que fue criado por Pokémon y también se considera a sí mismo como uno, tratando al Pokémon mítico Zarude como su padre. La película se centra en el tema de un "humano criado por Pokémon", en lugar de las películas anteriores enfocarse en el "vínculo entre un entrenador humano y sus Pokémon".